一是对党建扶贫工作的定位和认识不清晰。当前，我国一些地区以及部门对党建扶贫工作的定位理解不精确，且党建扶贫政策与其他扶贫政策的衔接不顺畅，致使党建扶贫未能有效发挥作用，甚至会在运行过程中对专项扶贫、行业扶贫等造成一定影响。
二是一些地区的党建扶贫仍存在“跑项目”“抢资源”等现象。当前，我国党建扶贫资金较为有限，且制度安排尚不完善，在资金筹集上显得没有章法。由此，“跑钱”“跑资源”成为一些地区筹集党建扶贫资金的主要方式。
三是在易地扶贫搬迁中，一些地区的党建扶贫工作出现职能单一、认知偏差等问题。当前，我国各省市易地扶贫搬迁面对的情况复杂多样，多数为少数民族地区，尽管出台了相关的配套措施，但多考量经济效果，对于政治以及社会文化等方面的考虑则相对不足。尽管近些年来各少数民族的经济发展方式有所改变，但其深植于社会文化结构中的经济观念仍无法适应市场经济导向的新安置点生活。
四是社会力量对贫困村实行包干扶贫存在的脱嵌问题。由于村庄治理的社会基础较为薄弱，仅对建档立卡贫困户提供帮扶，可能难以实现可持续脱贫和区域性减贫的既定目标。同时，社会力量对贫困村实行包干扶贫也缺乏相应的制度支撑，特别是行政资源和物质资源配套嵌合的局限性。
五是专业人才短缺问题。围绕脱贫攻坚抓好党建工作，人才队伍建设是重要支撑。精准扶贫需要集聚各类专业技术人才，没有人才作保证，脱贫攻坚工作难以为继。当前我国一些地区的专业人才缺乏，作为脱贫攻坚主力的行政干部懂经济建设却不懂社会建设，扶贫机构能力较弱与脱贫攻坚任务繁重形成矛盾，直接影响脱贫攻坚成效。